Jonathan sale de Jerusalén en compañía de su amigo Matatías a finales del siglo IV. Llegan a la ciudad de Alejandría. En esta época la población pagana sufre la persecución de los cristianos a través de los decretos imperiales, luchas callejeras, y el despojo de sus templos.
Matatías rehace su vida convirtiéndose al cristianismo. Jonathan vive situaciones de violencia con su nuevo amigo: Alejandro. Ambos trabajan, juntos recorren la ciudad, estudian en la biblioteca del Serapeo en sus tiempos libres.
Tras el asesinato de Alejandro, Jonathan decide marcharse a la parte más occidental del Imperio Romano. Transcurridos unos meses en Tarraco, llega a Clunia: población donde está ubicado el Convento Jurídico, al que pertenece la parte oriental de la cornisa cantábrica. Jonathan participa de la vida social y política, se casa, y llega a ocupar el puesto de Bibliotecario. En el año 409 logra, con otros ciudadanos de Clunia, que los vándalos pasen de largo, ofreciéndoles productos de la tierra.